O fenômeno El Niño Oscilação Sul (ENOS) é um dos principais causadores de variabilidade climática no sul do Brasil, estando relacionado ao aumento de chuvas em El Niño (EN) e redução em La Niña (LN). Compreender os impactos desse fenômeno é relevante pois o mesmo pode alterar o balanço hídrico que é fundamental para a gestão dos recursos hídricos. Em um ambiente estuarino, o balanço hídrico apresenta mais um componente, que é a interação com o oceano, que pode aumentar a salinidade, comprometendo os usos da água e causando prejuízos em especial para a população, que não pode se servir de água salobra para abastecimento. A Lagoa do Passo, na Bacia Hidrográfica do Rio Tramandaí (BHRT), é fonte de abastecimento de água para os balneários dos municípios de Xangri-lá, Imbé e Osório e também pode ter influência da salinização marinha. Desta forma, o presente estudo correlacionou dados de precipitação, teor de cloretos (salinidade) e índice MEI (relativo ao ENOS), entre o período de 1992 a 2017. Observou-se o grande desvio padrão dos dados de cloretos. A comparação entre as correlações das séries de cloretos com e sem o ano de 2005 (devido à salinização extrema) e o ENOS, demonstra que há uma aumento no coeficiente de correlação no segundo caso. O ENOS não possui correlação forte com a salinidade no estuário da BHRT, sendo que todas as três correlações foram consideradas fracas. Dessa forma, a relação entre o ENOS e a precipitação na BHRT não é forte o suficiente para influenciar a salinidade na Lagoa do Passo. Outros estudos devem observar a evapotranspiração, maré meteorológica e direção do vento na salinidade na BHRT.