A qualidade da água em sistemas lacustres costeiros tende a ser resultado da interação entre processos climáticos, hidrológicos e pressões antrópicas. Neste contexto, este estudo teve como objetivo analisar a relação entre parâmetros de qualidade da água (parâmetros físico-químicos e nutrientes) e variáveis climáticas (precipitação,
temperatura do ar, umidade, velocidade do vento, índices MEI e SOI do El Niño–Oscilação Sul - ENOS) no subsistema sul da Bacia Hidrográfica do Rio Tramandaí, nas lagoas do Gentil, da Fortaleza e da Rondinha, no período de 2008 a 2020. A abordagem metodológica incluiu análises estatísticas descritivas e correlações de Pearson. Os resultados evidenciaram que a influência da variabilidade climática sobre a qualidade da água é condicionada pelas características hidrodinâmicas e por intervenções antrópicas específicas de cada lagoa. A Lagoa do Gentil mostrou forte controle por processos de intrusão salina, com menor resposta direta às variáveis climáticas associadas ao ENOS. A Lagoa da Fortaleza apresentou maior associação entre variáveis climáticas e parâmetros como pH, salinidade e condutividade elétrica. A Lagoa da Rondinha exibiu comportamento intermediário em relação às outras lagoas desse estudo.