As palmeiras do gênero Butia (Becc.) Becc. (Arecaceae) são popularmente conhecidas no Rio Grande do Sul e Santa Catarina e há um conhecimento tradicional associado ao seu uso e conservação. A taxonomia do gênero é complexa e as características fenotípicas dos indivíduos das espécies possuem elevada variabilidade, sugerindo também haver elevada variabilidade genética. Butia odorata (Barb. Rodr.) Noblick e Butia catarinensis Noblick e Lorenzi são espécies tipicamente litorâneas. A caracterização biométrica de frutos de butiazeiros, através do programa computacional Smartgrain, foi feita, bem como a obtenção da massa de 100 frutos e a massa da polpa destes mesmos frutos, visando-se à decomposição de componentes da variância fenotípica para estas variáveis. Duas populações de B. catarinensis tiveram seus frutos coletados (Osório e Laguna) e uma de B. odorata (Palmares do Sul). Essas variáveis obtidas apresentaram elevada variabilidade e foi possível detectar diferenças significativas nas médias dos três locais através dos testes de Tukey e Scott-Knott (P < 0,05). A variável circularidade não apresentou correlação (Pearson, P maior 0,05) com as outras variáveis biométricas e, portanto, foi analisada separadamente. Modelos de regressão comparando as variáveis referentes à produtividade e às dimensões do fruto foram testados quanto ao seu ajuste a um modelo linear, mas tais ajustes não foram possíveis devido à ausência de correlação significativa entre as variáveis. Depois de testes de máxima verossimilhança restrita (REML) e ANOVA serem realizados nos dados, os componentes de variância fenotípica foram decompostos e são idênticos por ambas as análises. A partir da variância total (ou seja, da variância fenotípica), a alta variância entre progênies obtida (28,5% para o modelo contendo duas espécies e 58,26% para o modelo com uma espécie) indica que há variabilidade genética para os caracteres examinados, o que fornece subsídios para que se continue com os estudos de genética da conservação e pré-melhoramento em populações naturais de butiazeiros do Litoral do Rio Grande do Sul e Santa Catarina.