A análise microbiológica em alimentos possibilita a identificação da presença de microrganismos, sendo de maior preocupação os causadores de doenças. O queijo é um alimento consumido com muita frequência mundialmente, observando-se, nas diversas cidades brasileiras, o hábito do consumo de queijos coloniais artesanais. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade microbiológica em amostras de queijos coloniais para detectar a presença de microrganismos totais, assim como o nível de patogênicos do grupo dos coliformes. Foram avaliadas cinco amostras de queijos comercializados em feiras livres do Município de Ijuí, RS, sendo quatro amostras de queijo colonial artesanal, mais uma amostra de queijo colonial elaborado por laticínio regularizado e com selo de inspeção sanitária. A técnica de tubos múltiplos, denominada de número mais provável (NMP) foi utilizada para a avaliação de coliformes totais e termotolerantes. O resultado indicou que todas as amostras avaliadas apresentaram contaminação por coliformes, sendo que duas apresentaram valor acima do permitido pela legislação sendo consideradas impróprias para o consumo.