O queijo colonial é tradicionalmente produzido nas propriedades rurais, no entanto a falta de pasteurização do leite pode resultar em um queijo com bactérias indesejáveis e prejudicais para a saúde do consumidor. Este trabalho avaliou a presença de bactérias do grupo coliforme e Salmonella em amostras de queijo colonial comercializados na cidade de Cruz Alta-RS. Duas amostras analisadas foram produzidas por laticínios regularizados e três amostras foram obtidas de produtor artesanal. A técnica do número mais provável (NMP) foi utilizada para a determinação da presença de coliformes termotolerantes. Não foram encontradas bactérias do grupo coliforme em uma amostra de queijo colonial artesanal e nas duas amostras de queijo tipo colonial produzida por laticínios estabelecidos. Foi evidenciada a presença de contaminações por coliformes totais e fecais em duas amostras de queijo colonial artesanal. Neste trabalho foi evidenciado o risco do consumo de queijos artesanais que são elaborados a partir de leite não pasteurizado.